复旦大学附属上海市第五人民医院成立于1904年，前身为英国人建造的“西人隔离医院”，院址旧称靶子路41号（现武进路85号）。1945年，改名为“上海市市立第五医院”。新中国成立后，命名为“上海市立第五人民医院”。20世纪50年代末，为配合闵行工业基地的建设，1960年2月医院整体迁址于闵行鹤庆路801号。1961年起成为原上海第一医学院（现复旦大学上海医学院）的教学基地。1984年11月医院恢复使用“上海市第五人民医院”院名。1989年成为原上海医科大学卫生系唯一的临床实习教学基地。1995年原闵行区传染病医院并入医院。1998年9月，闵行区人民政府和原上海医科大学正式签订了区校共建协议，2004年10月，医院喜迎“百年华诞”之际，正式成为复旦大学附属医院。
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